Extraction of DNA for analysis of amelogenin in samples fixed in formalin, embedded in paraffin stored for 1 and 5 years in the Department of Pathology - Federal University of Sao Paulo

Abstract

O uso da biologia molecular em amostras fi xadas em formalina e incluídas em parafi na (FFPE) vem crescendo, e a melhoria nos métodos de obtenção do DNA para sua análise é necessária. O objetivo deste estudo foi avaliar o DNA extraído de blocos de tecidos FFPE (fígado, baço e cérebro não tumorais), obtidos de necropsia, 8 a 24 horas post mortem, utilizando três métodos de extração de DNA (kit comercial, fenolclorofórmio e Salting-Out). Foram realizadas as PCRs dos genes da actina (136pb), amelogenina humana (AMEL 212-218pb) e STRs (100-400pb) para avaliar a efi cácia do método de extração de DNA e determinar o sexo dos indivíduos. Foram utilizados 28 casos arquivados (1 e 5 anos) e 12 recentes, sendo analisadas 10 amostras de cada um dos tecidos. O kit comercial apresentou maior grau de pureza, resultados reprodutíveis e consistentes na amplifi cação por PCR nos genes da -actina e AMEL e na análise por STR. Este estudo fornece uma compreensão dos desafi os envolvendo amostras FFPE, e esclareceu novas estratégias para análises moleculares neste tipo de material.